TAXONOMIE BACTÉRIENNE

Abstract

Plus de 13 000 espèces de procaryotes (bactéries et archées)
ont été décrites à ce jour, et on estime qu’au moins 100 fois plus
d’espèces restent à décrire (1). Classer les êtres vivants permet
de définir les caractéristiques biologiques qui les différencient à
chaque niveau hiérarchique de la classification, et forme un socle
qui facilite les recherches fondamentales en biologie. La classification rend possible de généraliser à tous les individus d’un groupe,
les connaissances approfondies obtenues par l’étude de quelques
individus: c’est la raison d’être des souches de référence utilisées
en microbiologie. La classification est également un prérequis pour
développer des méthodes d’identification. Chez les microorganismes d’intérêt médical, l’identification précise des pathogènes
aide à la prise en charge de l’infection et est indispensable pour
la surveillance épidémiologique.
La taxonomie est la science de la classification des organismes
vivants. Cette discipline repose largement sur le travail fondateur
réalisé par Carl von Linné au XVIIIe
siècle sur les plantes et les
animaux. Alors que cela n’a pas été le cas à ses origines, la taxonomie est de nos jours indissociable de (et souvent confondue avec)
la systématique, définie comme l’étude de la diversité du vivant,
des mécanismes de diversification et des relations phylogénétiques. Les entités distinguées dans la classification sont appelées
taxons (ou « taxa » si l’on souhaite décliner les formes latines).
La taxonomie inclut trois activités principales : la description
des caractéristiques biologiques qui différencient les taxons ; la
classification hiérarchique, qui repose (surtout depuis les années
1980 en microbiologie) sur l’analyse des relations de descendance
entre taxons (phylogénie) ; et la nomenclature, qui comprend un
ensemble de règles de nommage les taxons. La taxonomie permet
l’identification bactérienne, qui consiste à assigner une souche
microbienne donnée à l’un des éléments de la classification, sur
la base d’un ou plusieurs caractères différenciant(s).