ÉTABLISSEMENT DU MICROBIOTE INTESTINAL

Abstract

L’intestin constitue un écosystème extrêmement complexe et
une communauté microbienne dynamique où coexistent bactéries,
archées, virus et eucaryotes (Weinstock 2012). Ce microbiote est
en contact permanent avec les nutriments et les cellules de l’hôte,
responsable d’interactions fortes. Les relations micro-organismeshôte ont cependant longtemps été regardées essentiellement sous
l’angle de la pathogénicité, mais aujourd’hui le microbiote commensal est reconnu pour ses interactions bénéfiques l’organisme
humain en faisant un véritable partenaire de l’hôte. Ce partenariat
débute à la naissance, la colonisation bactérienne commençant
dès la rupture des membranes fœtales. Les bactéries, dont le
nombre tout d’abord considéré comme 10 fois supérieur aux
cellules eucaryotes, ont été récemment réévaluées à 3,8 1013, soit
dans un rapport similaire à celui des eucaryotes de l’organisme
humain (Sender et al. 2016). La majorité du microbiote réside
dans l’intestin, essentiellement le côlon, où il est caractérisé par
son haut niveau et sa large diversité. Le nombre d’espèces bactériennes a été évalué par les techniques de culture classique à 400 à
500 espèces par individu. Par des techniques indépendantes de la
culture ce nombre est évalué à plus de 1000 espèces par individu
(Tap et al. 2009), soit environ 25 fois le génome humain (Qin
et al. 2010). Le microbiote intestinal peut ainsi être considéré
comme un véritable organe, ouvert, métaboliquement adaptable
et rapidement renouvelable.