LA SPECTROMÉTRIE DE MASSE EN BACTÉRIOLOGIE MÉDICALE

Abstract

L’analyse microbiologique de culture est basée sur la mise
en évidence et l’identification des bactéries présentes dans un
échantillon biologique ainsi que sur la détermination de leur
sensibilité aux agents anti-infectieux. À ceci, peut s’ajouter
la recherche de gènes de virulence dont la présence peut être
variable au sein d’une même espèce ainsi que la comparaison
de souches soit à l’échelle du patient (infection persistante ou
ré-infection), soit à l’échelle de services de soins (infections
associées aux soins) ou soit à l’échelle de pays (endémie ou
épidémie). Les technologies classiques disponibles dans les
laboratoires de bactériologie médicale permettent de répondre
à ces attentes mais le plus souvent de manière non optimale et
faisant appel à des technologies multiples. Ainsi les techniques
phénotypiques d’identification, manuelles ou automatisées ne
donnent qu’environ 80 % d’identifications correctes au niveau
de l’espèce nécessitant pour les souches non identifiées d’avoir
recours si l’intérêt clinique le justifie à une comparaison de
séquences génomiques, peu accessible pour tout laboratoire. De
même, la détection de mécanismes de résistance aux antibiotiques est parfois difficile par les techniques phénotypiques, et
doit souvent reposer sur des techniques de biologie moléculaire.