L’ÉLECTROPHORÈSE EN CHAMP PULSÉ

Abstract

L’électrophorèse est une méthode d’analyse très employée
en biologie du fait de sa simplicité. En biologie moléculaire, elle
permet à la fois de visualiser les molécules d’acides nucléiques,
de les séparer et de déterminer leur taille. Le groupement phosphoryl de chaque nucléotide ayant une polarité négative, cette
répartition homogène des charges confère aux molécules d’acides
nucléiques une charge électrique globale proportionnelle à leur
taille. L’électrophorèse permet aux molécules d’acides nucléiques
chargées négativement de migrer de la cathode vers l’anode et les
sépare en fonction de leur taille.
L’électrophorèse conventionnelle réalisée dans une matrice
d’agarose ou d’acrylamide permet la migration de molécules
d’ADN d’une taille inférieure à 50000 paires de bases (pb) ou
50 kilopaires de bases (kpb). Cette méthode est utilisée pour la
réalisation de profils de restriction de l’ADN bactérien, après
coupure de celui-ci par des endonucléases (enzymes qui coupent
l’ADN au niveau de séquences nucléotidiques spécifiques) ayant
des sites de restriction fréquemment répétés sur le génome bactérien. Ces profils de restriction permettent de comparer des souches
bactériennes entre elles en fonction du polymorphisme de leur
ADN total. La taille moyenne d’un génome bactérien étant de
3,5 millions de pb, les profils de restriction après électrophorèse
classique peuvent comporter jusqu’à 1500 fragments, répartis entre
10 pb et 50 kpb, ce qui rend difficile la comparaison des profils de
restriction, même avec une lecture densitométrique (Figure 1A)