SYSTÈMES AUTOMATIQUES D’IDENTIFICATION BACTÉRIENNE

Résumé

Située au cœur des processus analytiques de bactériologie
conventionnelle, l’identification bactérienne peut être réalisée à
l’aide de méthodes phénotypiques, protéiques, immunologiques
et/ou moléculaires. Cependant, c’est à la fin des années 2000 que
l’identification bactérienne en microbiologie clinique a connu une
« révolution » avec l’introduction de la spectrométrie de masse
de type « Matrix Assisted Laser Desorption Ionization /Time of
Flight » [SM MALDI TOF] (Seng et al. 2009). Cette dernière
permet l’obtention d’un résultat en quelques minutes, avec un
inoculum très faible et avec des performances élevées (van Veen et
al. 2010, Dubois et al. 2012, Martiny et al. 2012, Fang et al. 2012,
Marko et al. 2012, and Vila et al. 2012). Néanmoins, l’achat et la
maintenance du spectromètre de masse et de la base de données
restent couteux (Neville et al. 2011) et nécessitent un volume annuel
d’identifications supérieur à 12000/15000 identifications, seuil à
partir duquel le cout de l’identification bactérienne et fongique
devient inférieur à ceux des galeries d’identification automatisée
par technique biochimique. D’autre part, la SM MALDI TOF ne
permet pas de séparer des espèces phylogénétiquement proches
dont l’identification repose sur quelques caractères phénotypiques.
Parmi ces espèces peut différentiables par la SM MALDI TOF on
peut citer entre autres Escherichia coli et Shigella sp, Klebsiella
spp, Raoultella spp, et certains streptocoques (se reporter au
chapitre dédié sur la SM MALDI TOF). En deçà, l’identification
bactérienne automatisée par galerie biochimique conserve l’intérêt
de pouvoir être réalisée sur les mêmes instruments que l’antibiogramme automatisé avec un niveau acceptable de performances
et un résultat en quelques heures. Ainsi, ce chapitre portera sur
l’étude de ces systèmes automatisés d’identification et exclue de
facto, les identifications par spectrométrie de masse, par techniques
immunologiques et par biologie moléculaire