FLORE PULMONAIRE

Résumé

Les poumons ont historiquement été décrits comme un organe
stérile chez les sujets en bonne santé. La présence de bactéries
mise en évidence à partir des prélèvements respiratoires (expectoration, lavage broncho-alvéolaire etc.) a été rapprochée de
situations cliniques d’affections respiratoires. Ce sont tout d’abord
les caractéristiques anatomiques et histologiques qui ont conduit
à penser que les voies aériennes respiratoires supérieures étaient
exemptes de toute communauté bactérienne ou microbiote. En effet,
d’un point de vue anatomique, les voies respiratoires inférieures
sont séparées des voies aériennes supérieures (naso-pharynx et
oro-pharynx) et du tube digestif, tous les deux septiques, par
l’épiglotte. D’un point de vue histologique, la clairance mucociliaire, assurée par les cellules ciliées de l’épithélium bronchique
et bronchiolaire, permet la mobilisation du mucus, entraînant les
particules et bactéries qui y sont piégées (Charlson et al., 2012 ;
2011; Jeffery, 1983; Morris et al., 2013). Enfin, la méconnaissance
du microbiote des voies aériennes inférieures encore nommée
microbiote pulmonaire ou flore pulmonaire, résulte en grande
partie de l’approche par culture bactérienne, limitée par la sensibilité de la culture et l’exigence de certaines espèces bactériennes
difficilement cultivables. Ces dernières années de nombreuses
études ayant recours à de nouvelles approches, essentiellement
moléculaires, ont permis de caractériser la diversité bactérienne
des voies respiratoires inférieures. Ceci ouvre la voie à une meilleure connaissance des interactions entre les bactéries et l’hôte,
qu’elles soient commensales ou pathogènes.