CARACTÈRES PHÉNOTYPIQUES ET IDENTIFICATION BACTÉRIENNE

Résumé

L’identification bactérienne a longtemps reposé sur des
caractéristiques phénotypiques. Celles-ci ont été de nature
différente selon les avancées technologiques. Les observations
microscopiques et macroscopiques sur milieux de culture ont été
les premiers tests phénotypiques qui ont permis une classification
bactérienne. Des tests biochimiques comme les fermentations de
sucres ou d’activités enzymatiques ciblant des protéines ou des
lipides ont permis ensuite d’établir des tableaux d’identification
pouvant inclure un grand nombre de caractères. Parallèlement,
l’avènement de techniques plus sophistiquées d’analyse comme
la chromatographie a contribué à la définition plus robuste des
genres et espèces bactériennes basée sur la structure de macromolécules (peptidoglycane, acides gras, ménaquinones), ceci
étant appelé la chimiotaxonomie. Depuis la mise au point des
hybridations ADN/ADN et du séquençage de gènes, ces techniques
de biologie moléculaire auxquelles on peut ajouter maintenant
l’étude du génome complet, sont devenues indispensables à la
description de nouveaux taxons. Récemment, la spectrométrie
de masse Maldi-Tof basée sur des différences de masse des
protéines cellulaires majoritairement ribosomiales a montré des
performances supérieures aux techniques phénotypiques traditionnelles pour l’identification des bactéries et des champignons.
Actuellement, la plupart des laboratoires de Bactériologie médicale ayant la spectrométrie de masse maintiennent encore des
techniques d’identification phénotypiques traditionnelles allant
d’un simple examen direct et de quelques tests rapides jusqu’à des
automates avec interprétation intégrée. Il semble encore nécessaire de maintenir ces tests phénotypiques qui s’avèrent parfois
complémentaires de la spectrométrie de masse. Par exemple,
la spectrométrie de masse (et parfois l’ARN 16S ribosomique)
ne permet pas de séparer Bacillus anthracis de Bacillus cereus
et Yersinia pestis de Yersinia pseudotuberculosis. Un simple
examen direct à l’état frais permet de résoudre l’identification,
B. cereus et Y. pseudotuberculosis étant des bactéries mobiles à
la différence des deux autres espèces citées. De même, des tests
phénotypiques simples permettent de différencier Escherichia
coli lactose négatif et Shigella spp, qui ne sont pas séparées par
la spectrométrie de masse.