ÉCOLOGIE MICROBIENNE DU TUBE DIGESTIF

Résumé

L’homme vit en relations étroites avec cent
mille milliards de bactéries qui colonisent natu- rellement sa peau et ses cavités naturelles
ouvertes sur l’extérieur, cavités buccales et vagi- nales, voies aéro-digestives supérieures, tractus
gastro-intestinal. Chacun de ces sites est colonisé
par une flore microbienne ou microbiote dont la
composition lui est propre.
La flore intestinale est la plus importante sur le
plan quantitatif et on estime que le tube digestif
abrite près de 1014
micro-organismes, c’est-à-dire
dix fois plus que le nombre de cellules qui composent le corps humain. Le tube digestif et la
flore qu’il abrite forment un écosystème, concept
introduit pour la première fois par Dubos et
Schaedler (Dubos & Schaedler, 1964). Les populations microbiennes du tube digestif entretiennent en effet des interactions multiples entre elles
et avec l’hôte dans une relation de mutualisme
(Bäckhed et al., 2005).
L’intérêt porté à l’écosystème microbien du
tube digestif vient de ce que certains des microorganismes qui y résident peuvent être à l’origine
d’infections chez l’hôte. Ces infections sont la
conséquence de l’implantation intestinale de bactéries douées d’un pouvoir pathogène spécifique
entérique comme les salmonelles, shigelles, Clostridium difficile, Campylobacter ou bien cer- taines souches d’Escherichia coli entéropathogènes. Elles peuvent résulter également de
l’altération des capacités de défense de l’hôte visà-vis de sa propre flore. Dans certaines circonstances pathologiques comme la neutropénie
profonde (Tancrède & Andremont, 1985), le choc
hémorragique (Rush et al., 1988) ou la malnutrition (Youssef et al., 1998), le tube digestif est le
point de départ de bactériémies dues à des
bacilles à Gram négatif, en particulier des entérobactéries, qui gagnent la circulation sanguine
après passage de la muqueuse intestinale selon un
mécanisme appelé translocation (Berg, 1995).
L’écosystème intestinal est également un site
privilégié pour la sélection et l’émergence de bactéries résistantes potentiellement pathogènes au
cours de l’administration de traitements antibiotiques. Il constitue, de ce fait, un réservoir majeur
de gènes codant pour la résistance au