LE RÔLE DES CENTRES DE RESSOURCES BIOLOGIQUES : UN OUTIL D’EXCELLENCE POUR LA RECHERCHE EN MICROBIOLOGIE

Résumé

Les micro-organismes représentent une
immense biodiversité qui est indispensable à la
vie sur cette terre et qui fournit une ressource
quasi illimitée pour le développement de la biotechnologie en aval des applications. La
recherche sur la diversité microbienne (isolement
de nouveaux isolats, caractérisation ou identification…) a un rôle évident au niveau des progrès de
la science et ce dans l’intérêt de l’humanité.
Les résultats des travaux de recherche sont
soigneusement conservés dans des milliers d’articles scientifiques par an, accessibles à la communauté scientifique et disponible en version
papier et / ou électronique. Toutefois, l’accessibilité des micro-organismes concernés par ces
articles est incertaine et dépend souvent de la
bonne volonté des chercheurs impliqués. L’accès
aux ressources peut même être refusé comme une
politique du secret stratégique basé sur une potentielle valeur économique. Et généralement, la disponibilité à long terme est rarement assurée par
les groupes de recherche ou leurs instituts d’accueil. Déposer ces ressources biologiques au sein
des Centres de Ressources Biologiques (CRB)
(collections de références) permet d’assurer leur
disponibilité. En matière de taxonomie bactérienne, le Comité International de Taxonomie des
Procaryotes a imposé depuis 1999, le dépôt obligatoire des souches types dans au moins deux
CRB, situés dans 2 pays différents, lors de la description de nouvelles espèces (Labeda et Oren,
2008). En analogie avec cette initiative, il est préconisé que les souches dont le génome entier a été
séquencé soient déposées dans au moins deux
CRB de 2 pays différents (Coenye et Vandamme,
2004 ; Ward et al, 2001).
Cependant, une enquête a été effectuée dans le
cadre d’un projet européen (le projet EMbaRC :
http://www.embarc.eu) ; cette enquête a montré
qu’en 2008, 1261 articles sur les procaryotes (en
dehors des souches types) ont été publiés, impliquant 20.172 souches bactériennes dont seule une
infime partie (moins de 1%) ont été déposés dans
un CRB, leur assurant une conservation à long
terme (Stackebrandt 2009, communication personnelle). En outre, moins de la moitié (47%) des
souches ayant eu leur génome entier de séquencer
est disponible au sein des CRB (génomes d’or On
Line Base de données v 3.0, Novembre 2009)
(Liolios et al. 2009) et donc peuvent être utilisées
pour d’autres études. La non disponibilité de ce
matériel biologique entrave l’accélération des
progrès de la science.